在上海国际精准医疗论坛的现场,大屏幕上正实时滚动着某晚期肺癌患者的基因检测报告——通过AI算法从20万条基因数据中锁定的突变靶点,精准匹配到了最新研发的靶向药物亚博,患者的生存期因此延长了14个月。这场案例分享的背后,是基因大数据专家吕文扬及其团队十年如一日的技术攻坚。从最初基因数据“存不下、算不快、用不好”的行业困境,到如今构建起覆盖全国300家医院的基因数据应用网络,他用数据的力量,推动精准医疗从实验室走向临床一线。
吕文扬与基因大数据的交集,始于2013年参与的一项肿瘤基因组研究项目。当时,单个个体的全基因组数据量已达100GB,一次大规模临床研究就要处理数十TB数据,而传统的计算架构不仅处理周期长达数月,还常常因数据格式不统一、分析标准混乱导致结果偏差。“明明基因数据里藏着治病的钥匙,我们却困在‘数据海洋’里找不到方向。”项目中遇到的困境,让吕文扬意识到:精准医疗的核心是“精准”,而精准的前提,是对海量基因数据的高效解读。此后,他毅然从临床遗传学转向基因大数据研究,组建团队专注于突破数据处理与应用的核心瓶颈。
首要解决的是基因数据的“计算效率”难题。传统的中心化计算模式难以承载大规模基因数据的并行处理需求,吕文扬团队创新性地提出“分布式基因计算框架”——将基因数据拆解为标准化的“数据块”,通过分布式节点同时进行序列比对、变异检测等核心分析任务,再通过自主研发的“数据聚合算法”整合结果。为了验证这套框架的性能,他们与国内顶尖超算中心合作,对1000例肺癌患者的全基因组数据进行分析测试:传统方法需要45天完成的任务,新框架仅用72小时就得出了精准结果,效率提升了15倍。更关键的是,团队还开发了“动态任务调度系统”,能根据数据类型自动分配计算资源,将无效算力消耗降低了60%,大幅节省了研究成本。
数据“标准化”是另一道必须跨越的坎。不同检测机构的测序平台、数据格式、分析流程各不相同,导致基因数据难以互通共享,形成了一个个“数据孤岛”。2016年,吕文扬牵头联合国内20家顶尖医院、5家测序企业,历时两年制定了《中国临床基因数据标准白皮书》。这份标准不仅统一了基因数据的存储格式、变异注释规范,还创新性地引入“数据质量评分体系”——从测序深度、覆盖度、变异检出率等8个维度对数据质量进行量化评估,确保不同来源的数据都能实现“同源解读”。为了推动标准落地,团队开发了免费的“基因数据标准化转换工具”,已被全国200多家医疗机构采用,累计完成超过50万份基因数据的标准化处理,为跨地域、跨机构的临床研究奠定了基础。
让基因数据“用得上”,是吕文扬始终坚守的目标。2018年,他主导建设的“国家临床基因大数据共享平台”正式上线。这个平台不仅整合了全国150万份临床基因数据,还搭载了自主研发的“AI精准诊疗辅助系统”:医生输入患者的基因数据、临床症状及病史后,系统能在3分钟内完成变异位点解读、疾病风险预测、药物匹配推荐等全流程分析,并给出循证医学依据。在乳腺癌诊疗领域,该系统通过分析10万例患者的基因数据与治疗效果,优化了HER2阳性乳腺癌的靶向用药方案,使患者的药物响应率从原来的65%提升至82%。目前,平台已累计为超过10万名肿瘤、罕见病患者提供了精准诊疗建议,其中30%的患者因此调整了治疗方案,获得了更好的预后效果。
在推动技术落地的同时,吕文扬格外注重基因数据的“安全与伦理”。团队研发了“区块链基因数据存证系统”,通过区块链的不可篡改特性,实现患者基因数据的授权使用亚博、流转追溯全程可查;同时,采用“数据脱敏+联邦学习”技术——在不获取原始数据的情况下,通过加密参数交换实现多机构联合建模,既保护了患者隐私,又能充分挖掘数据价值。这套安全体系已通过国家信息安全等级保护三级认证,成为行业数据安全的标杆。
如今,吕文扬的目光已投向更广阔的领域。他正在推动“基因大数据+预防医学”的融合应用,通过分析健康人群的基因数据,构建疾病风险预测模型,为个体提供个性化的健康管理方案;同时,团队与制药企业合作,利用基因大数据加速新药研发,将候选药物的筛选周期从平均5年缩短至2年。在他看来,基因大数据不是冰冷的数字,而是承载着生命希望的“密码本”——“我们的使命,就是读懂这本密码,让每一个人都能享受到‘量体裁衣’的精准医疗服务。”